打勾标示的部份代表文件夹或子目录已选取为备份来源，而其中不颜色的标示显示不同的状况。其中可区分为三种：蓝色代表该目录已被选取但仅部份以下子目录被选取。
窗口左侧的资料树为选取备料来源位置，点选文件夹左侧即可勾选您所想要备份的目录，目录一旦被勾选，以下所有子目录及档案都会被选取;若再次点选已被勾选的文件夹，则可以取消勾选。另外于同一次备份工作中，您可以选取多个来源文件夹，本软件会将勾选的档案同时备份至外接式硬盘中。
在备份工作开始前，可先建立目标文件夹以方便档案集中管理。首先将鼠标光标移至指定的硬盘区，按下鼠标右键选取”新建文件夹”。在小窗口跳出后设定文件夹名称，按下”OK”键即可完成目标文件夹的建置。
单一备份工作只能选取单一终端路径，将鼠标光标移至您想储存备份资料的位置即可直接点选。注意：若系统未连接指定的外接硬盘，则该区块背景会转成灰色并无法按下备份键。
BackupManager可于单一页面同时选取多个来源文件夹，一次完成备份工作，并且在备份完成后交叉比对来源及终端文件夹，以确认备份的完整性。为增加使用便利性，本软件另提供多项备份模式，您可依据备份工作的性质或本身的使用习惯选择较合适的方式。
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